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Commit 24ab99ab authored by GZhao's avatar GZhao
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source/cpic/.keep 0 → 100644
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View file @ 24ab99ab
source/cpic/Makefile 0 → 100644
+ 20
- 0
View file @ 24ab99ab
# Minimal makefile for Sphinx documentation
#
# You can set these variables from the command line, and also
# from the environment for the first two.
SPHINXOPTS ?=
SPHINXBUILD ?= sphinx-build
SOURCEDIR = source
BUILDDIR = build
# Put it first so that "make" without argument is like "make help".
help:
@$(SPHINXBUILD) -M help "$(SOURCEDIR)" "$(BUILDDIR)" $(SPHINXOPTS) $(O)
.PHONY: help Makefile
# Catch-all target: route all unknown targets to Sphinx using the new
# "make mode" option. $(O) is meant as a shortcut for $(SPHINXOPTS).
%: Makefile
@$(SPHINXBUILD) -M $@ "$(SOURCEDIR)" "$(BUILDDIR)" $(SPHINXOPTS) $(O)
source/cpic/build.zip 0 → 100644
+ 0
- 0
View file @ 24ab99ab
File added
source/cpic/conf.py 0 → 100644
+ 39
- 0
View file @ 24ab99ab
# Configuration file for the Sphinx documentation builder.
#
# For the full list of built-in configuration values, see the documentation:
# https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html
# -- Project information -----------------------------------------------------
# https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html#project-information
import os
import sys
project = 'csst_cpic_sim'
copyright = '2023, CSST/CPIC Group'
author = 'CPIC Group'
release = '1.0.0'
# -- General configuration ---------------------------------------------------
# https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html#general-configuration
extensions = [
'sphinx.ext.autodoc',
'sphinx.ext.napoleon',
'sphinx.ext.doctest',
'sphinx.ext.intersphinx',
'sphinx.ext.todo',
'sphinx.ext.coverage',
'sphinx.ext.mathjax',
'nbsphinx'
]
templates_path = ['_templates']
exclude_patterns = []
# -- Options for HTML output -------------------------------------------------
# https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html#options-for-html-output
html_theme = 'sphinx_rtd_theme'
# html_static_path = ['_static']
source/cpic/cpism.rst
+ 16
- 16
View file @ 24ab99ab
CpicImgSim package
csst_cpic_sim package
==================
Submodules
----------
CpicImgSim.main module
csst_cpic_sim.main module
----------------------
.. automodule:: CpicImgSim.main
.. automodule:: csst_cpic_sim.main
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.target module
csst_cpic_sim.target module
------------------------
.. automodule:: CpicImgSim.target
.. automodule:: csst_cpic_sim.target
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.optics module
csst_cpic_sim.optics module
------------------------
.. automodule:: CpicImgSim.optics
.. automodule:: csst_cpic_sim.optics
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.camera module
csst_cpic_sim.camera module
------------------------
.. automodule:: CpicImgSim.camera
.. automodule:: csst_cpic_sim.camera
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.io module
csst_cpic_sim.io module
--------------------
.. automodule:: CpicImgSim.io
.. automodule:: csst_cpic_sim.io
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.config module
csst_cpic_sim.config module
------------------------
.. automodule:: CpicImgSim.config
.. automodule:: csst_cpic_sim.config
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
CpicImgSim.utils module
csst_cpic_sim.utils module
-----------------------
.. automodule:: CpicImgSim.utils
.. automodule:: csst_cpic_sim.utils
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
......@@ -63,7 +63,7 @@ CpicImgSim.utils module
Module contents
---------------
.. automodule:: CpicImgSim
.. automodule:: csst_cpic_sim
:members:
:undoc-members:
:show-inheritance:
source/cpic/installation.rst
+ 39
- 118
View file @ 24ab99ab
......@@ -3,144 +3,65 @@ CPISM程序安装说明
Python版本
--------------
目前程序只在Python3.9下测试通过。建议尽量使用该版本运行。
如果使用anaconda，可选择使用conda创建虚拟环境后安装使用。
Python >= 3.9
使用setup.py安装
下载和安装
-----------------
联系作者获取软件安装文件，解压缩并执行以下命令：
下载和安装程序文件
```````````````````
使用以下命令，下载和安装程序文件
.. code-block:: bash
cd cpic-img-sim
git clone https://csst-tb.bao.ac.cn/code/csst-sims/csst_cpic_sim.git
cd csst_cpic_sim
python setup.py install
设置环境变量
--------------
Linux 或 Mac 用户
下载数据文件
```````````````````
执行以下命令，打开bash配置文件：
.. code-block:: bash
vi ~/.bash_profile
在文件中增加如下一行：
.. code-block:: bash
export cpism_refdata="/path/to/cpism/reference/"
编辑bash profile文件后，需要source一下，或者重新打开一个terminal。
.. code-block:: bash
source ~/.bash_profile
可以用如下命令检查是否设置成功：
.. code-block:: bash
echo $cpism_refdata
cd $cpism_refdata
ls
Windows 用户
`````````````
执行以下操作：
通过科技云盘下载
链接地址：https://pan.cstcloud.cn/s/gjMlzXRuRsM 提取密码：i3Zs
- 打开系统控制面板。
- 选择“系统” 。
- 选择“高级系统设置”。
- 转到“ 高级 ”选项卡。
- 选择 “环境变量...”。
- 点击用户变量下的“新建...”。
- 变量名为“cpism_refdata”，变量值为cpism_refdata文件夹的完整地址。
- 连续点击“确定”，直到所以对话框都关闭。
下载和安装 Pysynphot 恒星数据
----------------------------------------
CPISM中使用了 `Pysynphot package <https://pysynphot.readthedocs.io/en/latest/appendixa.html>`_ 来处理恒星光谱。为了得到恒星光谱，需要下载Pysynphot的恒星光谱数据。
``CPISM`` 中使用了 Castelli-Kurucz 模型: `ck04models <https://archive.stsci.edu/hlsps/reference-atlases/cdbs/grid/ck04models/>`_.
可以使用如下命令进行安装
.. code-block:: bash
wget http://ssb.stsci.edu/trds/tarfiles/synphot3.tar.gz
下载完成后并解压，文件夹结果如下所示, 需要将trd文件夹加入到环境变量中。
``<path>/grp/redcat/trds/grid/ck04models``
Linux 或者 Mac 用户
````````````````````````````````
.. code-block:: bash
vi ~/.bash_profile
增加如下一行
.. code-block:: bash
export PYSYN_CDBS="<your_path>/grp/redcat/trds"
记得要source一下，或者重新打开一个terminal。
.. code-block:: bash
source ~/.bash_profile
现在可以检查一下是否设置成功
运行测试
-----------------
程序安装测试
```````````````````
.. code-block:: bash
cd $PYSYN_CDBS
ls
Windows 用户
````````````````
执行以下操作：
python ./script/cpicsim.py --help
如果程序安装正确则会输出帮助信息。如果是首次运行，则会提示输入数据文件路径。
输入（复制粘贴）路径可进行配置。之后重新运行程序。
- 打开系统控制面板。
- 选择“系统” 。
- 选择“高级系统设置”。
- 转到“ 高级 ”选项卡。
- 选择 “环境变量...”。
- 点击用户变量下的“新建...”。
- 变量名为“PYSYN_CDBS”，变量值为trds文件夹的完整地址。
- 连续点击“确定”，直到所以对话框都关闭。
程序运行配置
------------------
打开cpism_refdata文件夹，编辑cpism_config.yaml文件。可以进行cpism程序的运行配置。
快速测试
```````````````````
配置输出文件夹
````````````````
使用output_dir参数和relative_path参数配置初始文件夹的位置。
.. code-block:: bash
- 当relative_path设置为True时，可以通过更改output_dir来更改输出文件夹的相对地址。例如，如果你想将输出文件夹放在cpism_refdata的父文件夹下的output目录中，你可以将output_dir设置为output。
python ./script/cpicsim.py quickrun '*0/15(0.4,0.6)' 10 50 6
- 当relative_path设置为False时，可以通过设置output_dir来更改输出文件夹的绝对地址。
如果运行成功，则可以在当前文件夹下看到生成的fits文件
其他配置
````````````````
- log_level: 日志的输出级别。可选择DEBUG、INFO、WARNING、ERROR、CRITICAL。日志文件存储在output文件夹的LOG目录下。
- tmp_dir: 快速仿真结果的输出文件夹。默认为TMP，存储在output目录的TMP文件夹下。可选择current, 将文件存储于当前文件夹下。
- check_fits_header: 输出文件时检查fits文件头的关键字是否和data model规定的一致，不一致时日志中输出warning信息。默认为False。
程序配置
-----------------
可通过修改数据文件夹下的cpism_config.yaml文件进行仿真参数、输出参数等的配置。
cpic_config_default.yaml对可配置参数进行了示例。
这里建议只针对输入输出路径、星表文件夹等进行配置，而不更改例如望远镜尺寸、角分辨率等的配置。否则可能会产生不可预期的结果。
测试是否安装成功
------------------
执行example.py 文件
.. code-block:: bash
配置脚本并设置环境变量 (可选)
--------------------
通过设计脚本并加入环境变量，可以极大的提高运行的舒适度。
cpicsim.ps1 和 cpicsim 分别是针对Windows 或 Linux/Mac 的脚本。
修改脚本中cpicsim.py的路径后，将script文件夹加入Path路径后，可以直接更简介的方法运行程序。
对于Linux/Mac用户，还需要使用chmod -x cpicsim设置可执行权限
python example.py
.. code-block:: bash
cpicsim quickrun '*0/15(0.4,0.6)' 10 50 6
如果安装成功，会在output目录下SCI、CAL、TMP目录下分别生成科学观测图像文件、定标文件与快速模拟结果。文件结构详见星冕仪0级数据说明。
\ No newline at end of file
source/cpic/make.bat 0 → 100644
+ 35
- 0
View file @ 24ab99ab
@ECHO OFF
pushd %~dp0
REM Command file for Sphinx documentation
if "%SPHINXBUILD%" == "" (
set SPHINXBUILD=sphinx-build
)
set SOURCEDIR=.
set BUILDDIR=build
%SPHINXBUILD% >NUL 2>NUL
if errorlevel 9009 (
echo.
echo.The 'sphinx-build' command was not found. Make sure you have Sphinx
echo.installed, then set the SPHINXBUILD environment variable to point
echo.to the full path of the 'sphinx-build' executable. Alternatively you
echo.may add the Sphinx directory to PATH.
echo.
echo.If you don't have Sphinx installed, grab it from
echo.https://www.sphinx-doc.org/
exit /b 1
)
if "%1" == "" goto help
%SPHINXBUILD% -M %1 %SOURCEDIR% %BUILDDIR% %SPHINXOPTS% %O%
goto end
:help
%SPHINXBUILD% -M help %SOURCEDIR% %BUILDDIR% %SPHINXOPTS% %O%
:end
popd
source/cpic/notebooks/0_main_example.ipynb
+ 93
- 124
View file @ 24ab99ab
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/1_target_example.ipynb
+ 94
- 26
View file @ 24ab99ab
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/2_focus_example.ipynb
+ 71
- 106
View file @ 24ab99ab
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/3_obs_effect.ipynb
+ 16
- 9
View file @ 24ab99ab
%% Cell type:markdown id: tags:
# 观测效应仿真
%% Cell type:markdown id: tags:
观测效应仿真功能包括背景光仿真和宇宙线仿真两部分。
## 宇宙线仿真
使用CosmicRayFrameMaker()类可以生成宇宙线。在仿真中仅考虑由于mu子导致的宇宙线，这类宇宙线例子会在穿过CCD芯片时导致感光，产生长短不一的细线。
程序中假设宇宙线具有均匀且各项同性的分布。宇宙线事件的数目设置为1个事件/秒/平方厘米(参考WFPC2手册)。
能量、宽度、长度等参考Miles et al.2021、Fisher-Levine 2015等文章，分布如下图所示。
另外对于宇宙线沿路径方向的强度，我们也通过FFT的方式增加了随机性。
另外可以通过修改CosmicRayFrameMaker()类中的参数来调整宇宙线的事件几率、长度、宽度、强度分布等，具体参考代码中的注释。
%% Cell type:code id: tags:
``` python
from CpicImgSim import CosmicRayFrameMaker
from csst_cpic_sim import CosmicRayFrameMaker
cr_gen = CosmicRayFrameMaker()
crs = cr_gen.random_CR_parameter(10000, [1024, 1024])
```
%% Cell type:code id: tags:
``` python
flux = []
length = []
angle = []
sigma = []
for cr in crs:
flux.append(cr.flux)
length.append(cr.length)
angle.append(cr.angle)
sigma.append(cr.sigma)
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from astropy.io import fits
plt.figure(figsize=(10, 3))
plt.subplot(1,3,1)
plt.hist(flux, bins=np.linspace(0, 20000, 20))
plt.title('cosmic ray event energy')
plt.xlabel('electron number')
plt.subplot(1,3,2)
plt.hist(length, bins=np.linspace(0, 30, 10), log=True)
plt.title('path length of CRs')
plt.xlabel('pixels')
plt.subplot(1,3,3)
plt.hist(sigma)
plt.title('path width of CRs')
plt.xlabel('pixels')
plt.tight_layout()
```
%% Output
%% Cell type:markdown id: tags:
使用该类的make_cr_frame()方法可以生成宇宙线图像。
该方法包括两个参数，分别为相机芯片尺寸和曝光时间。下面的代码演示了如何生成宇宙线图像。生成的宇宙线图像为一个二维数组，单位为电子数。
图中仿真了分别为30s曝光和300s曝光的两幅宇宙线图像。
%% Cell type:code id: tags:
``` python
def psf_imshow(psf, vmin=1e-8, vmax=0.1):
focal_img = psf.copy()
focal_img = np.maximum(focal_img, vmin)
focal_img = np.minimum(focal_img, focal_img.max()*vmax)
# image_log = np.log10(focal_img)
image_log = focal_img
plt.imshow(image_log, origin='lower', cmap='gray')
plt.figure(figsize=(10, 6))
plt.subplot(1,2,1)
crframe = cr_gen.make_cr_frame([1032, 1056], 30)
psf_imshow(crframe, vmin=0, vmax=0.01)
plt.title('cosmic ray frame 30s')
plt.subplot(1,2,2)
crframe_300 = cr_gen.make_cr_frame([1056, 1032], 300)
psf_imshow(crframe_300, vmin=0, vmax=0.01)
plt.title('cosmic ray frame 300s')
fits.writeto('image_files/cr_frame_30s.fit', crframe, overwrite=True)
```
%% Output
%% Cell type:markdown id: tags:
sky_frame_maker()函数可以生成天空背景图像，输入参数为观测波段、对应波段的星等/平方角秒、焦面比例尺、图像大小。
程序中天空背景光谱按照太阳光谱估计、考虑仪器的整体光电效率。输出为一个二维数组，反应了焦面处的辐照密度，单位为电子数/秒/平方米。
注意需要乘上望远镜通光口径和曝光时间来得到电子数。
%% Cell type:code id: tags:
``` python
from CpicImgSim import sky_frame_maker
from csst_cpic_sim import sky_frame_maker
area = 3.14 * 100 ** 2
frame = sky_frame_maker('f661', 19, 0.01613, (1024, 1024)) * area
psf_imshow(frame)
plt.title('sky background frame, 19mag/arcsec$^2$@f661')
plt.text(40, 40, f'{frame[1,1]:.3f} photons/pixel/s', color='white')
```
%% Output
Text(40, 40, '0.029 photons/pixel/s')
%% Cell type:code id: tags:
``` python
```
......
source/cpic/notebooks/4_camera_example.ipynb
+ 538
- 96
View file @ 24ab99ab
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/4_v2_camera_example.ipynb deleted 100644 → 0
+ 0
- 989
View file @ 69623e09
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/5_psf_example.ipynb
+ 99
- 85
View file @ 24ab99ab
This source diff could not be displayed because it is too large. You can view the blob instead.
source/cpic/notebooks/allimg.fits deleted 100644 → 0
+ 0
- 0
View file @ 69623e09
File deleted
source/cpic/notebooks/cic.fits deleted 100644 → 0
+ 0
- 0
View file @ 69623e09
File deleted
source/cpic/notebooks/cici.fits deleted 100644 → 0
+ 0
- 0
View file @ 69623e09
File deleted
source/cpic/notebooks/image_files/_test_bias.fits
+ 0
- 0
View file @ 24ab99ab
No preview for this file type
source/cpic/notebooks/image_files/_test_bias_novp.fits
+ 0
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No preview for this file type
source/cpic/notebooks/image_files/_test_bias_novphp.fits
+ 0
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